El nuevo Metal Gear Solid será un mundo abierto con todas sus consecuencias, incluyendo una historia que podrá progresar de una forma no lineal al permitir escoger el orden de las misiones. Así lo declaraba Hideo Kojima, asegurando que la historia fluirá de un modo normal pero generando diferencias al adaptarse a cada partida, eso sí, evitando que se produzcan paradojas temporales.
En The Phantom Pain la vida o muerte de determinados personajes también estará en manos del jugador y la historia se adaptará a ello.