Descárgate una distribución de Linux LiveCD, como por ejemplo Knoppix, Ubuntu, Gparted LiveCD, o SLAX creo que también puede... Y le metes hacha a la partición (que la formateas desde el gestor de particiones, vaya).
Cuando hayas hecho eso, usa un disco de inicio de Windows (puedes usar uno de XP que sepas fijo que funciona, y luego actualizar a Vista, aunque realmente el segundo paso es prescindible) e instálalo. Si ni siquiera te deja bootear un disco de Linux, me plantearía qué problemas pueda tener la BIOS (palabras mayores).
De todos modos formatear un disco duro no supone un problema a no ser que no tengas varios ordenadores o el propio disco tenga fallos a nivel físico, porque siempre puedes conectarlo a otro PC y formatearlo desde ése, o con LiveCD de Linux (que arrancan independientemente de lo que haya en tu disco duro).
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