Aunque ya se confirmó que Starfox 64 3D utilizaría los giroscopios de 3DS para el movimiento de la nave, Nintendo ha confirmado que no será estrictamente necesario.
Para aquellos a quienes les guste usar botones, existirán dos modos de control, Modo 3DS, con control de movimiento, y Modo N64, que utilizará joystick y botones como el juego original.
Además, este remake contará con un modo multijugador con batallas para hasta cuatro jugadores, aunque sólo en red local, no online, pero sin necesidad de multitarjeta.