Wii y Nintendo DSi utilizan para sus respectivas tiendas virtuales un sistema de Nintendo Points que, comprados en tienda, pueden utilizarse indistintamente para una u otra consola.
Esto no será así con la nueva Nintendo 3DS. Los Nintendo Points comprados anteriormente no serán compatibles con la tienda virtual de la nueva plataforma.
Los nuevos puntos se pondrán a la venta posteriormente, aunque siempre existirá la opción de compra con tarjeta a través del propio servicio.