Pikmin 3 oculta un secreto entre los logs que podemos recolectar por sus escenarios, archivos con una imagen y una cifra que aparentemente no cuentan nada. Aparentemente, ya que aquellos que los hayan conseguido todos, pueden dirigirse desde el explorador de internet de la propia Wii U a nintendo.co.jp/pikpiksecret y ahí introducir el código para desbloquear un vídeo.
SPOILERS
Por el momento se han descubierto cinco vídeos diferentes, que pertenecen a un diario del Capitán Olimar en su tercera llegada al planeta de los Pikmin, su recorrido por él y cómo termina como termina.