SEGA también tendrá su participación en la Consola Virtual de 3DS, al igual que en Wii, donde podemos disfrutar de juegos de Mega Drive y Master System.
En esta ocasión, de portátil a portátil, en la e-Shop de la nueva 3DS podremos descargar títulos de Game Gear, empezando por cinco títulos de catálogo inicial.
Además de multitud de clásicos de Game Boy y Game Boy Color, por el momento se han anunciado estos cinco juegos de la portátil de SEGA: Columns, Shinobi, Sonic Triple Trouble, Dragon Crystal y Sonic Drift 2.