El anuncio de Wii U vino acompañado de la mala noticia de que no será retrocompatible con juegos ni mandos o periféricos de GameCube, sólo de la Wii original.
El motivo de este movimiento se detalla en una entrevista con Amber McCollom, directora de marketing en entretenimiento y tendencias de Nintendo, que confirmaba una nueva plataforma para la Consola Virtual.
Así, a través del Canal Tienda de Wii U, se venderán juegos de GameCube, aunque éstos no serán llevados a la alta definición y se mostrarán en versiones idénticas a las originales.