Daisuke Amaya "Pixel", el creador del videojuego original Cave Story, explicó en la primera jornada de iDEAME las herramientas que utilizó a la hora de crear Cave Story.
El creador autodidacta japonés explicó a los asistentes que simplemente utilizó el Visual Studio para trabajar en un entorno de programación de Microsoft, creando él mismo el editor de niveles mediante una herramienta sencilla.
Para hacer los sprites usó una herramienta de Internet gratuita, así como otro programa igualmente gratuito para crear las músicas y los efectos de sonido.
Cave Story ha sido rediseñado por Nicalis en una versión para WiiWare, y que actualmente está preparando su lanzamiento para Nintendo 3DS.